HTML <base>元素用于说“解析所有相对URL，而不是相对于此页面，而是相对于新位置”。在您的情况下，您已经告诉它可以相对于带有HTML页面的目录进行解析。
SVG marker-mid="url(…)"属性是FuncIRI参考。当使用这样的值时url(#foo)，通常会相对于当前页面解析相对IRI，查找具有fooid的元素。但是，当您使用时<base>，会更改其外观。
要解决此问题，请使用更好的值。由于您的基本引用是当前目录，因此您可以简单地使用当前文件的名称：
<line … marker-mid="url(this_page_name.html#arrow)" />
如果您的<base>href不同于您显示的href，例如：
<base href="http://other.site.com/whee/" />
那么您将需要使用绝对href，例如
<line … marker-mid="url(http://my.site.com/this_page_name.html#arrow)" />
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