相对磁盘文件系统路径是相对于当前工作目录的，这取决于您启动应用程序的方式（在Eclipse中将是项目文件夹，在Command Console中将是当前打开的文件夹，在Tomcat管理器/服务中将是的Tomacat/bin文件夹，等等）。您无法从Java代码内部对此进行控制，所以就算了吧。
在JSP / Servlet中，您可以用于ServletContext#getRealPath()将相对的Web内容路径（其根在公共Web内容中，在您的情况下为/WebContent文件夹）转换为绝对磁盘文件系统路径。所以：
String relativeWebPath = "/config/sdb.ttl";
String absoluteDiskPath = getServletContext().getRealPath(relativeWebPath);
Store store = StoreFactory.create(absoluteDiskPath);
// ...
该ServletContext是由继承的Servlet可用getServletContext()的方法。
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