首先，您在正确的道路上探索Java EE的优雅程度。由于您处理了各种主题，因此我将答案分为不同的部分：
[我亲自尝试过NetBeans和IntellijIDEA，但是由于它的外观，功能，炫酷的颜色主题等，使Eclipse更舒适。
对于JSP和HTML，CSS，JS东西，我还是推荐Jetbrains Webstorm的出色IDE，它具有zen编码以及许多其他功能，例如快速自动完成功能和对许多框架的支持。
最后，选择Sublime Text 2作为文本编辑器进行快速编辑或仅检查源文件，它的布局非常漂亮，并支持多种语言以及大量插件。
所有Java API规范都可以在Oracle网站上免费进行脱机查看，并且与其中提供的各种SDK打包在一起。
易于浏览的文档：Eclipse IDE使得将JavaDoc和Source附加到组成JDK的不同jar文件中非常容易，也就是说，设置后，您的学习和编码经验将大大增加。例如，在IDE中键入Connection，可以简单地按住Ctrl命令，然后右键单击它，然后将在另一个选项卡中打开类实现的源代码。是的，这就是开源世界的力量：）
关于技巧和窍门：我建议您使用// TODO注释，因为Eclipse支持它们，并且您可以在设置中设置自己的TODO注释，也可以使用TASK注释，您还可以使用Mylyn来管理错误，任务本地或通过连接器连接到您最喜欢的错误和问题跟踪器，因为有许多连接器可用于此目的。添加到此列表的可能性是，配置书签以帮助您在源文件排满时管理源文件。
关于Tomcat：好吧，如果您的目标是制作不需要Java EE规范的高级功能的Java EE应用程序，那么您可以使用易用的Tomcat，它易于使用和配置，并且是众所周知的Web容器。
但是，如果不是这种情况，并且您想专门研究Java并花大量时间尝试了解这个庞大规范的来龙去脉，则可能需要支持所有Java EE组件的经过认证的Application Server。它们有很多可用，但是由于您需要咨询，并且我在这里给出我的建议，因此我建议您选择GlassFish Application Server，它是开源的，例如，一旦将其安装在Eclipse IDE上，它将与Java EE 5和Java EE 6 api文档捆绑在一起。这意味着没有时间浪费在浏览不同的工具和选项卡上，您将所有内容分组在Eclipse IDE中，因此您可以100％地完成手头的任务。
ps：如果您还有其他问题，请随时与我联系。
ps：我没有提到任何框架，因为当您习惯Java EE时，您将可以选择适合您需求的框架。还忘了提及JUnit（测试框架）和出色的eclipse插件EClemma来进行代码覆盖（比Cobertura / eCobertura好得多，并且更易于使用），当然您可以尝试使用Maven作为其他提到的文章，或者尝试使用Apache Ant作为构建工具工具。
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