JIndent(商业)可以满足您的需求:
我过去也曾使用jalopy来做到这一点,它是开源的:
http://jalopy.sourceforge.net/
编辑:我会注意到jalopy相当老,并且似乎没有对其进行任何更新。我不太确定它是否可以在Java 5/6中使用。您可能想看一下Jacobe:
http://www.tiobe.com/index.php/content/products/jacobe/Jacobe.html
Roedy Green的网站上还有更完整的格式化程序列表:
独立的Java代码格式化程序/美化工具/漂亮打印机?
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