媒体资源定位符（MRL）与URL不同。
您发布的日志显示了VLC正在尝试打开的内容。内容丰富的部分是：
[1644d0ac] filesystem access error: cannot open file D:\Desktop\file:\D:\Desktop\app.jar!\media\video.mp4 (Invalid argument)
"D:\Desktop\file:\D:\Desktop\app.jar!\media\video.mp4" 显然不是有效的文件名？
因此，此代码存在缺陷：
String url = getClass().getResource("/media/video.mp4").getFile();
这种没有.getFile（）的东西通常用于从应用程序类路径加载资源。但是，当您尝试获取文件名时，情况并非如此。
您应该执行以下操作：
String mrl = new File("res/media/video.mp4").getAbsolutePath();
但这当然取决于您的应用程序的“当前”目录是什么，并且不能在jar文件中运行。
另一方面，VLC 可以 播放zip（因此是jar）文件中包含的媒体，其MRL看起来与您发布的内容有点相似。就像是：
zip://file.jar!/res/media/video.mp4
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